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实验12 实验设计
2015-07-24 23:48  

      案 首 页

 

2013 级 生物制药 本科班                               任课教师:郝军莉

课程

分子生物学

实验技术

题目

实验设计

学时

讲授

 

实验

3

练习

 

行课时间

2015年7月7日 星期二 第1-3节

课次

12

教 材

生物化学与分子生物学实验科学出版社,杨建雄

教 具

ppt

教 学

目 的

要 求

掌握NCBI数据库使用方法;

熟悉目的基因查找、重组载体构建和功能检测;

了解分子生物学实验设计方法。

教学重点

难点及其

解决方案

教学重点: NCBI数据库使用方法

教学难点: 实验设计的主要原则

 

解决方案:通过指导教师讲解,教师带教实验操作

参 考

资 料

1. 魏群 主编,分子生物学实验指导,高等教育出版社,2010

2. 郑伟娟 主编,现代分子生物学实验,高等教育出版社,2008

3. 李钧敏 主编,分子生物学实验,浙江大学出版社,2009

 

实 施

情 况

小 结

 

 

教研室主任签名:                                                       年    月    日

      案 续 页

教学过程、内容及时间分配

教学方法与手段

中英文文献查询

常用的中文文献查找网站

一、中文文献检索网站 

1中国期刊网(CNKI中国知网; http://www.cnki.net/;完备科技期刊文献全文数据库,提供专题数据库学术期刊全文文献、题录、摘要检索等服务  

2)万方数据资源系统 http://www.periodicals.com.cn/index.html 

    各类专业期刊,方便快捷的查询系统。 

3)中国国家图书馆: http://www.nlc.gov.cn/

主要介绍中国国家图书馆,有相当丰富的图书介绍,电子图书刊物等,包括全民图书月等等。

二、英文文献查询 

1PubMed - provides free access to Medline.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ 

2Institute for Scientific Information - ISI database publisher of scientific, medical, and technical information. Product offerings include Current Contents, Science Citation Index, and Journal Citation Reports.http://www.isinet.com

Pubmed 文献查找方法

1、打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/网址,在搜索框中输入关键词,点击搜索。

2、相关文献按照发表时间由近及远排列,寻找感兴趣的相关文献。通过网站的展示,学习文献的查找和全文的阅读下载。

NCBI 基因序列的查找

1、打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov网址,在搜索框中输入要查找的序列号或基因名称

2、在搜索的选择范围下拉菜单中选择gene,然后点击搜索。

3、在gene中可以查找编码目的基因的mRNA及其CDS序列。

 

 

教师演示

讲授20 min

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

教师演示

10min

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

教师演示

20min

 

 

 

 

教师演示

20min

 

 

引物设计规则

1、引物是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。

2一般为15-30个核苷酸,与选用模板有关系,若选用模板为基因组或cDNA,目的片段含量低,PCR引物适当长些;若是从已知载体上做PCR,引物可以短些(15bp左右),但最多不超过50个核苷酸。

3、同一碱基连续出现不应超过5个,GC含量一般40-60%

GC含量太低导致引物Tm值较低,使用较低的退火温度不利于提高PCR的特异性,GC含量太高目的片段可能P不出来。

4引物二聚体:尽可能避免两个引物分子之间3’端有较多碱基互补

发夹结构:尤其是要避免引物3’端形成发夹结构,否则将严重影响DNA聚合酶的延伸。

Primer Premier 5 引物设计软件介绍

1NCBI搜索基因序列,找到mRNACDS序列后,设计引物。

2、打开Primer Premier 5引物设计软件,点击File-New-DNA-Sequence,出现输入序列窗口,Copy目的序列在输入框内(选择AS IS),此窗口内,序列也可以直接翻译成蛋白,点击Primer,进入引物设计窗口。

3、引物确定后,对于上游和下游引物分别进行Blast分析,一般来说,多少都会找到一些同原序列,此时,可对上游引物和下游引物的blast结果进行对比分析,确定引物是否可以。

实验设计要求

    选择自己感兴趣的目的基因,查找CDS序列,构建重组载体,明确选择载体名称、上下游酶切位点和引物序列、重组载体鉴定方法及目的蛋白功能检测。

 

板书提纲:

引物设计流程

1.NCBI Pubmed文献查找数据库

2.NCBI gene搜索

3.引物设计准则

4.引物设计注意事项 

 

 

 

 

 

 

多媒体和板书

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

软件安装展示

 

25min

 

 

软件使用展示

 

 

 

 

 

 

 

 

 

多媒体+提问

 

25min

 

板书

 

 

 

 

 

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